首先介绍一个串联游戏剧情的关键人物艾丹（Aidan）。艾丹是李奥瑞克之长子，在《暗黑破坏神1》中作为的战士职业的主角，结局打败迪亚波罗后，发现其宿主正是自己的亲弟弟——阿尔布莱彻王子，他悲痛欲绝。在失去理性的痛苦中，他越来越想结束这场黑暗浩劫。可是，他不仅高估了自己的精神力量，也低估了迪亚波罗的邪恶影响力。为了将其封印，他把封印迪亚波罗的红色灵魂石插入前额，试图用自己的意志降服他，就像塔拉夏那样。不幸的是，他没能成功。因为无法抵住大菠萝的腐化，在不久后意志防线彻底溃败，成为了黑暗流浪者。在暗黑破坏神2中艾丹随着迪亚波罗从人类形态转变为恶魔的肉体而死去，被迪亚波罗附身后不久与女巫艾德利亚生下了莉娅，莉娅暗黑3中的主要角色之一。暗黑2封面的“黑袍骷髅”以及过场动画前期主角黑暗流浪者，都是艾丹。
暗黑2的故事发生在战士艾丹封印迪亚波罗的一年之后，他已经无法抵挡恐惧之王迪亚波罗的侵蚀，化身成为黑暗流浪者，迪亚波罗的目标很明确，从崔斯特瑞姆出发，先前往东方的鲁高因，他的兄弟毁灭之王巴尔就封印在鲁高因外面的阿拉诺克沙漠，然后继续向东前进赶往库拉斯特港，憎恨之王墨菲斯托被封印在库拉斯特港的崔凡克地下，等到三魔神成功脱困。再集合地狱大军攻打野蛮人圣地——亚瑞特山，因为那里存放着世界之石。
迪亚波罗从地狱中召唤恶魔，屠杀了盲眼修道院附近的村庄，只留下一个叫马略斯的人，因为迪亚波罗一眼就看穿了他的软弱和恐惧，将此人收为奴仆。他还召唤了悲痛女王安达利尔，让她盘踞在修道院，阻挡其他人去往鲁高因的道路。盲眼修道院剩余的成员在城外组建了罗格营地，此时听到消息的主角赶到这里，他们将追随黑暗流浪者的脚步，直到将它彻底消灭。当主角来到罗格营地时，迪亚波罗已经离开几个星期了，修道院已经成为了安达利尔的老巢，很多成员也被腐化成了恶魔，其中的代表就是暗黑一的三位主角之一莫瑞娜，她也未能抵挡住邪恶力量的腐化，堕落成为了血乌，在卡夏的请求之下，主角在埋骨之地打败了血乌，让这位英雄的灵魂得以安息。接下来主角要前往崔斯特瑞姆救出迪卡凯恩，这位赫拉迪姆的最后成员能给我们带来帮助，当我们到达崔斯特瑞姆时，这里已经化为火海，迪卡凯恩被关在笼子里吊了起来，主角救出迪卡凯恩后，一路探索，来到了修道院，终于见到了悲痛女王安达利尔，安达利尔是一个像蜘蛛的恶魔，拥有可怕的毒素攻击。
击败安达利尔之后，向东的道路终于打通，旅行商人瓦瑞夫带着主角和迪卡凯恩了沙漠城市鲁高因，毁灭之王巴尔就封印在沙漠深处，一百多年前，塔拉夏用自己的身体封印了毁灭之王巴尔，为了防止他被人打扰，泰瑞尔带领赫拉迪姆的成员在鲁高因城外的阿拉诺克沙漠为他修建了七座陵墓，其中只有一个是真的，想要阻止迪亚波罗，就要先他一步找到塔拉夏的陵墓，但沙漠的范围太大，就连迪卡凯恩也不知道墓穴的位置，他只知道要用赫拉迪克法杖才能打开墓穴大门，法杖则需要用赫拉迪克方块才能合成，主角只好先清除城外的恶魔，寻找方块和法杖，在居民的指点下，主角知道了墓穴唯一的线索在一个叫赫拉森的法师遗物上，这时鲁高因的国王杰海因告诉我们，皇宫里出现了很多恶魔，主角皇宫清理恶魔时，发现了一个传送门到达了赫拉森创造的神秘避难所。然后在避难所见到法师杰兹雷斯，也是暗黑1主角之一，这位英雄已经被赫拉森的意志侵占了身体，它操控着这具身体攻击主角，击败魔法师后，玩家通过赫拉森的日记，知道了正确的墓穴位置，然后使用传送门来到了墓穴所在的术士峡谷，毁灭之王巴尔就封印在这里。
但主角们到来之时却被迪亚波罗抢先了一步。幸亏大天使泰瑞尔及时赶到，阻止了迪亚波罗。但迪亚波罗带来的仆人马略斯被巴尔蛊惑，最终犯下弥天大错，不过泰瑞尔唤醒了马略斯的理智，让他带着含有巴尔大部分力量的灵魂石逃走了，泰瑞尔无法同时抵挡两位地狱魔神，最终被他们打败囚禁，之后迪亚波罗召唤都瑞尔把守通道，所以我们在墓穴中碰到的BOSS就变成了都瑞尔，主角到来后击败都瑞尔，拯救了被囚禁的泰瑞尔，但他已经无力战斗了，迪亚菠萝和巴尔已经前往库拉斯特港了，那里封印着三魔神中最年长的墨菲斯托，如果墨菲斯托也被释放，后果将不堪设想。
主角回到鲁高因，跟着马席夫的船队前往库拉斯特。当主角来到库拉斯特港口时，这个圣骑士的故乡已经沦为了人间地狱。丛林里、河水里藏着无数的怪物，仅剩的人在海边建立了营地，用魔法结界勉强支撑，主角曾在蜘蛛森林追上了黑暗流浪者，却被他轻松逃走，临走前他还召唤出一群恶魔挡路，冒险者只好一边清理恶魔，一边往丛林深处推进。中间还找回了吉德宝这件古代宗教之刃，加强了港口的魔法防御，迪卡凯恩告诉主角，墨菲斯托就藏在库拉斯特下面的崔凡克，他还使用了一个叫强制球体的魔法道具，挡住了通往憎恨囚牢的道路，只能使用克林姆的意志打破强制球体才能进入墨菲斯托所在地，在迪卡凯恩的指引下，冒险者找到了克林姆的身体零件，然后在崔凡克杀死被腐化的三大主教，夺回了克林姆生前使用的武器，再使用赫拉迪克方块，将武器和身体合为一体。用这件武器打破了强制球体，随后冒险者们进入憎恨囚牢，打败了墨菲斯托，再次将墨菲斯托的灵魂封印。在主角来之前，迪亚波罗先一步释放了老大哥墨菲斯托，随后老墨派遣迪亚波罗回到地狱召集大军，派遣巴尔谋取世界之石，自己则留在原地控制萨卡兰姆教。马略斯也先到一步，泰瑞尔唤醒他的理智后，让他带着含有巴尔大部分力量的灵魂石逃走，并嘱咐他穿过地狱之门，去地狱熔炉，砸碎灵魂石，可马略斯找到传送门时，看到恶魔，最终未能拿出勇气穿过地狱之门，现在冒险者们的任务是深入地狱，追捕已经回到地狱的迪亚波罗，并且砸碎灵魂石。
击败老墨之后主角通过传送门进入群魔堡垒，此时泰瑞尔和迪卡凯恩也来到了群魔堡垒，泰瑞尔告诉我们，他的副官衣卒尔在一次战斗中被地狱大军抓住了，还把她的灵魂塞进了一个恶魔体内，泰瑞尔希望冒险者打败这个恶魔，解救他的灵魂。冒险者在绝望平原打败了衣卒尔，随着恶魔身体的死去，衣卒尔的灵魂出现了，衣卒尔为我们揭露了三魔神的阴谋。原来他们早就知道了灵魂石的秘密，并且污染了这些石头，如果被封印，他们就能通过灵魂石腐化人类，从而掌控庇护之地，也就是说，泰瑞尔带领赫拉迪姆封印三魔神的行动，根本就是中了圈套。但这一切还能挽回，那就把灵魂石彻底打碎，主角在火焰之河找到了地狱熔炉。先砸碎了墨菲斯托的灵魂石，前进的路上有无数恶魔拦路，终于在混沌避难所见到了迪亚波罗，击败他之后带着他的灵魂石回到地狱熔炉，将这块石头彻底打碎，至此，已经有两位魔神的灵魂被放逐到了深渊。
但此时毁灭之王巴尔已经彻底恢复了实力，之前我们说过马略斯只能带着石头逃走，随后巴尔找上了他，此时巴尔已经彻底占据了塔拉夏的身体，掌握了塔拉夏的魔法力量，他用魔法迷惑了马略斯，把自己伪装成泰瑞尔，骗走了灵魂石，随后杀死马略斯。巴尔带领地狱大军的目标只有一个，那就是山顶的世界之石，在巴尔的恶魔大军席卷一切时，由野蛮人在亚瑞特山修建了城市——哈洛加斯就成了最后一道防线。
当主角来到第五幕哈洛加斯时，发现这里是暗黑2中唯一保存完好的人类城市，但为了守护哈洛加斯，野蛮人付出了难以想象的代价，当冒险者从城门就能看到一具具野蛮人尸体，他在和恶魔的战斗中牺牲了，连野蛮人之卡奈也已牺牲，但其他活着的野蛮人依然在奋力抵挡恶魔的进攻。铁匠拉苏克告诉冒险者，城外的恶魔大军中没有巴尔的存在。他把部队交给了督军山克带领，自己正在寻找进入世界之石大厅的方法，督军山克用投石机日夜不停地攻击哈洛加斯，冒险者赶往战场，击杀督军山克摧毁投石机，还解救了被抓的野蛮人战士，哈洛加斯的危机暂时缓解了，但坚固的堡垒往往是从内部瓦解。独自行动的巴尔已经找到了渗透防线的办法。
世界之石大厅位于亚瑞特山顶，由野蛮人先祖把守，想要进入大厅，就必须通过他们的考验，除非拥有野蛮人一族的圣物，才能略过考验直接进入，在恶魔大军兵临哈洛加斯时，野蛮人之王卡奈带领长老团用生命换来了安全区，但长老团中却有一个败类——尼拉塞克，他是唯一幸存的野蛮人长老，他和恶魔做了一个交易，交出野蛮人的圣物，以此换来巴尔放过哈洛加斯，冒险者从安亚口中知道了尼拉塞克的背叛，随后前往尼拉塞克的神殿，击杀了这位背叛者。但巴尔已经得到圣物，能在不通过考验的情况下，直接进入山顶的世界之石大厅，亚瑞特山顶曾经有很多远古野蛮人，包括初代不朽之王布尔凯索，也曾守护在这里，现在只剩下科利克，马道克，塔里克三位远古野蛮人还守护在这里。当冒险者来到这里时，因为没有信物，只能接受他们的考验，而且这个任务还不能回城，主角通过考验后进入世界之石大厅，消灭巴尔。
世界之石是暗黑世界观里的创世神阿努的眼睛所化，所以这块石头拥有创造世界的伟力，现在，毁灭之王巴尔终于进入了世界之石大厅，他的目的即将达成。主角进入大厅后全是恶魔，巴尔的到来污染了这里，这些无法阻挡主角的脚步，他们消灭了巴尔的爪牙，进入大厅最深处，直面毁灭之王，巴尔在三魔神中排第二，但此时的他比老大墨菲斯托更强，因为他不仅恢复到了巅峰水准，还掌握了塔拉夏的力量和知识，但主角最终打败了这位毁灭之王，终结了最后一位地狱魔神。
然后大天使泰瑞尔降临，他告诉冒险者，他们还是迟了一步，巴尔已经污染了世界之石，如果放任不管，这块宝石会逐渐腐化庇护之地，唯一的办法就是毁掉宝石，世界之石毁灭不等于世界毁灭，但肯定会对世界造成影响，但这个影响是好是坏，谁都无法预料，泰瑞尔为冒险者打开了传送门，让他们赶紧离开。然后用他的宝剑——艾尔度因毁掉了世界之石，人类世界得救了，至此，暗黑二的故事完整落幕。
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